O Convento São Francisco foi erguido no final do século XVI pelos padres franciscanos, atendendo a um pedido do segundo donatário da Capitania do Espírito Santo, Vasco Fernandes Coutinho Filho. Junto à igreja dedicada a São Francisco de Assis, o complexo incluía o monastério, onde os frades viviam em recolhimento, oração, trabalho e estudos, além da Capela da Ordem Terceira da Penitência. Este foi o primeiro convento franciscano construído na região Sul do Brasil Colônia.

Posteriormente, um cemitério municipal foi adicionado ao conjunto, permanecendo em uso até 1908. Nas proximidades, uma capela dedicada a Nossa Senhora das Neves foi convertida em necrotério. A estrutura da capela, em estilo colonial, ainda existe dentro do convento até os dias de hoje.

O convento foi um importante centro de atividades religiosas, abrigando várias irmandades, incluindo a Irmandade de São Benedito, que promovia festas e procissões na cidade. Com o tempo, o convento foi utilizado para diversos fins, como escola e enfermaria durante as epidemias do século XIX.
Ao longo do século XX, o convento teve diversos usos, incluindo um orfanato, residência episcopal, rádio, colégio e residência das Irmãs Carmelitas. Atualmente, é sede da Cúria Metropolitana e de várias entidades ligadas à Igreja Católica.

O frontispício do convento, reformado em 1744 e 1784, é o que resta da estrutura original. Em reconhecimento à sua importância histórica, o convento foi tombado pelo Conselho Estadual de Cultura em 1984, marcando o espaço como o local onde foi construído o primeiro convento franciscano na Região Sul do Brasil Colônia.