Na SEMUS Vitória, o Setor de Auditoria Interna, componente municipal do Sistema Nacional de Auditoria (SNA/SUS), foi instituído por meio do Decreto Municipal nº 10.951/2001 e regulamentada pelo Decreto 15489/2012. 

A Auditoria é um instrumento de controle interno, para fortalecimento do Sistema Único de Saúde (SUS), Cuja finalidade é de contribuir com a gestão por meio da análise dos resultados das ações e serviços públicos de Saúde, através da avaliação dos serviços e fiscalização no controle de recursos nele empregados. Elabora relatórios gerenciais e emite pareceres conclusivos, advindos de auditorias e inspeções. Contribuindo assim, para o aprimoramento do processo de trabalho da gestão e a melhoria da qualidade dos serviços prestados no atendimento à população. 

A equipe de Auditoria também realiza o monitoramento periódico do cumprimento das recomendações de auditoria e executa outras atividades correlatas, seguindo os protocolos de Auditoria Interna. 

• Plano Anual de Auditoria Interna (PAA) - 2023 ;
• Plano Anual de Auditoria Interna (PAA) - 2024;
• Plano Anual de Auditoria Interna (PAA) - 2025.

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• Relatório Anual de Auditoria Interna (RAA) - 2022;
• Relatório Anual de Auditoria Interna (RAA) - 2023;
• Relatório Anual de Auditoria Interna (RAA) - 2024.

No âmbito do município de Vitória também são realizadas auditorias internas pela Controladoria Geral do Município (CGM) que inclui dentre suas atividades Auditorias Ordinárias e Extraordinárias em todas as suas Unidades Gestoras dentre elas a SEMUS.

Os Relatórios Finais dos trabalhos são disponibilizados no Portal da Transparência Municipal.